布什政府考虑在成立“国土安全部”的过程中，一些官员曾提议将美国联邦调查局纳入该部门管辖中，但最后还是决定让它继续接受司法部的领导。
据美国有线新闻网报道，一位资深官员表示，考虑到联邦调查局的情报搜集能力，将它划归将来成立的“国土安全部 ”能更有效地打击恐怖主义。但经过再三的考虑，布什的高级顾问们还是决定放弃这种提议，因为联邦调查局是执法部门的“ 重要武器”，它仍需要接受司法部的领导。
白宫首席顾问安德鲁·卡德在接受《纽约时报》采访时说，联邦调查局仍要接受司法部长阿什克罗夫特的领导。
美国总统布什6日晚宣布，他将向国会提议成立一个新的内阁机构——"国土安全部"，以更好地协调联邦政府各机构之间的反恐行动。“国土安全部”将对美国海岸警卫队、边防和海关、交通安全管理部门和联邦紧急措施署等机构进行统筹管理，但联邦调查局和中央情报局将独立存在。
